С 01 января 2016г. 

Налоговые агенты обязаны перечислять исчисленный и удержанный НДФЛ не позднее дня, следующего за днем выплаты налогоплательщику дохода (пункт 6 статьи 226 НК РФ).

Если вы выплачиваете аванс в одном месяце, а окончательный расчёт производится в следующем, то НДФЛ удерживается и перечисляется именно при окончательном расчёте.

"Письмо Минфина России от 09.08.2012 N 03-04-06/8-232

Налоговый агент производит исчисление, удержание и перечисление в бюджет налога на доходы физических лиц с заработной платы (в том числе за первую половину месяца) один раз в месяц при окончательном расчете дохода сотрудника по итогам каждого месяца, за который ему был начислен доход, в сроки, установленные п.6 ст.226 Кодекса."

Пример : 

25 апреля 2016г. - выплата аванса заработной платы за апрель 2016г. 

30 апреля 2016г. - начислена заработная плата за апрель 2016г., исчислен НДФЛ за апрель 2016г. 

05 мая 2016г. - выплата остатка заработной платы за апрель 2016г. 

05-06 мая 2016г. - перечисление НДФЛ в бюджет за апрель 2016г. 

Рекомендуем соблюдать сроки оплаты НДФЛ в бюджет. С 2016г. налоговые агенты обязаны ежеквартально сдавать в ФНС расчет по форме 6-НДФЛ, в которой указывают дату перечисления НДФЛ.